【１階】～深海の海～
深海200メートル以上を再現したのが「深海の海」です。飼育が難しいため、なかなか見るチャンスがない深海の不思議な生き物たちと出会えます。
深海の生物について学べるギャラリーでは、ジンベイザメやマンタ（イトマキエイ）を模型や映像で紹介しています。アクアルームに入ると、まるで深海の底にいるような気分になることでしょう。海洋点検ルームでは、珍しい深海の生き物をハイビジョン映像で紹介しています。深海の水温をリアルに体感できるポケット水槽や、映像による水圧観察などを楽しめます。
【２階】～黒潮の海～
容積7500トンの大水槽でジンベイザメやマンタが優雅に泳ぐ姿を目のあたりに見ることができます。前述したように、これまでは水槽の狭さが問題になり、ジンベエザメの餌付けは水平でしたが、自然界そのままの豪快な垂直餌付けを実際に見ることができます。ジンベエザメ、マンタの複数飼育は世界でも例がありません。まだまだ分からないことだらけのサメやエイの研究に役立つと、各方面から期待されています。
また、ザトウクジラやジンベイザメなど、活気に満ちた海の生き物の姿を体感できる美ら海シアターは、海の中にいる気分を味わえるだけでなく、沖縄人と海とのかかわりや文化も学ぶことができますよ。
この階にはサメ博士の部屋があります。古代ザメ・メガドロンのあご標本やサメの胴体輪切り標本、歯、皮など、サメの全てを知ることができます。これって、オールアバウトジャパンのガイドサイトみたいですよね。
【３階】～さんご礁～
さんご礁の内側にできる浅瀬（イノー）に住む生き物たちを、手にとって見ることができます。小型の魚やエビ、カニなども飼育しており、浅瀬に住む海の生き物たちと出会えますよ。また、リーフの外側を再現した熱帯魚の海コーナーでは、色鮮やかな魚たちを観察できます。
【４階】～大海への誘い～
サンゴの大規模な飼育展示場です。コエダミドリイシやトゲスギミドリイシといったサンゴ類のほかに、熱帯の魚たちを飼育展示しています。
また、この階は幅35メートル、奥行き27メートル、深さ10メートル、世界最大と言われる大水槽の上部分にあたりますから、まるで大海原を眺めている気分です。
※次のページは近隣の観光スポット紹介です
