「申告書の作成をはじめる前に」という画面が表示されます。まず上段の「提出方法選択」の部分で、「確定申告書等を印刷して税務署に提出する」のラジオボタンが自動的に選択されていることを確認します。
続いて下段に自分の生年月日を入力し「入力終了（次へ）」のボタンをクリックします。「昭和」「平成」または「西暦」はプルダウンメニューで選択します。
「給与所得」の入力画面が表示されます。
手もとの源泉徴収票を確認しながら、まず「支払金額」の欄に入力します。入力欄の桁区切り記号（カンマ）は自動的に入力されます。
続いて「所得控除の額の合計額」と「源泉徴収税額」の欄に入力します。源泉徴収税額の上の欄（グレーの部分）は未納付分がある場合に入力するところですから、年末調整がきちんと済んでいれば空欄のままにします。
「住宅借入金等特別控除の額」の欄（グリーンの部分）は、1年目の確定申告のときは空欄のままにします。これは2年目以降、年末調整による住宅ローン控除を受けたうえで別の確定申告をするときに入力する欄です。
「住宅借入金等特別控除可能額」と「居住開始年月日」、「借入金等年末残高」の欄は、2013年（平成25年）以前に居住開始の場合（2年目以降の確定申告の場合）に使用するところなので空欄のままにします。2年目以降の申告をする人は、源泉徴収票を見ながら必要事項を入力してください。
また、「16歳未満扶養親族」の欄は源泉徴収票に記載があればチェックを入れます。
給与所得者の場合は会社の住所と名称を入力します。この欄は後から手書きで記入することもできます。
「入力終了（次へ）」のボタンをクリックしたときにこのようなメッセージ画面が表示されたときは、所得控除額または源泉徴収税額の入力ミスか、もしくは年末調整が間違っています。年末調整の間違いのときには、先に勤務先で訂正してもらわなければなりません。
「控除等の入力及び計算結果確認」のページが表示されます。
「住宅借入金等特別控除」の右側にある「入力する」のボタンをクリックします。「特定増改築等」という括弧書きが上に付いているので少し戸惑うところですが、通常の購入（認定長期優良住宅の購入を含む）は、こちらが該当します。
耐震改修など一定の改修工事や認定長期優良住宅取得に伴う特別控除（住宅ローン控除ではない特例）を利用する場合には、その下の欄の「入力する」のボタンをクリックします。
その他の所得などがある場合には「この画面で入力できない所得や控除がある方はこちら」のボタンをクリックします。フォームが変更され、表示された画面に従って必要事項を入力することになります。
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