ゲーム進行はメインモードと同じ。最初にブリーフィングがあり、ゲーム中にはアニメがあったりキャラクターが喋ったり、相変わらず豪華な内容。
と言ってもこれを遊べば『機動戦士ガンダム0083 スターダストメモリー』の内容がわかるかと言うとそうではなく、ほとんどダイジェストに近いので、あらかじめ観てから遊ぶほうが楽しめるかもしれません。
コチラはアナベル・ガトーとは敵対関係にある主人公コウ・ウラキの機体。真ん中くらいに申し訳なさそうにガンダムが入っています。敵の攻撃はバカスカ当たりますが、問題にならないくらい強いです。
同じ物語を違う角度から楽しめるのもこのモードのポイントですね。
ゲーム画面ではこのとおり。画面のほとんどを占めるという化け物っぷりが堪能できます。
本編では決められたルートを自動的に進んで艦隊などを撃ち落としていくシーン（ゲームではルートチューブと呼ばれています）が多かったのに対し、エースパイロットモードでは限られた空間内で敵キャラクターと対決するシーン（こちらはバトルスフィアと呼ばれています）が多いのが特徴。ライバルとの一騎打ちなどが楽しめます。
エースパイロットモードでは原作にない展開なども（少数ながら）用意されており、より深くガンダムの世界に入り込むことが出来ます。
