エヴァ、出撃！
戦闘中はうるさいくらい移動指示、攻撃指示が出されます。しかしいつも的外れ…。あまり聞く必要はないでしょう。「ミサトさんはこんなんじゃない！」と思ったら是非ミサトが主人公の「女の戦い」というシナリオで華麗に指揮しましょう。
使徒は市街を破壊しながらマップ下方に侵攻してきます。プレイヤーはマップ下方で迎え撃つ形に。エヴァはコンセントのようなアンビリカルケーブルと呼ばれるケーブルで電源を供給して活動しています。ケーブルの届く範囲で使徒を迎撃します。
使徒はATフィールドと呼ばれる一種のバリアで守られています。このバリアを破るためには自ら使徒に接近し、バリアを打ち消さなければいけません。必然接近戦がメインになります。
市街マップで一番下に到達されると、本拠地であるジオフロントに侵入されます。これ以上進行されると世界の破滅（ゲームオーバー）が！
戦闘のコツとして、使徒と接近戦になったときに自らアンビリカルケーブルを切断してしまうと言う方法があります。電源供給が停止したエヴァは内部電源で5分のみ動くことが出来ます。ケーブルを切断することでグッと身軽になるので、動ける間に上手に使徒の後方から攻撃すれば、無傷で倒すことも。
使徒、殲滅！
使徒を倒すと戦闘結果画面に。エヴァは無傷ですが…。
市街の損害は甚大。被害状況によってもプレイヤーの近辺は変化していきます。あまりひどい被害だと学校が閉鎖してしまうことも。
