クルーの皆さんも活躍します。戦闘は各クルーのATの値によっても左右されるようです。日向君のATが高いと索敵能力が上がる、赤木リツコのATが高いと新兵器が配備されやすくなる、など。原作のファンには納得の設定ですね。
最初にミサトさんから作戦を言い渡されます。とは言っても作戦と呼べるようなものではなく、ほとんど自分の力で使徒（敵）を殲滅しなければなりません。
出撃時の武器、位置はミサトの作戦によって決定されます。意見を言うことも可能ですが、あんまり通らなかったり。まぁ、戦闘中のミサトの指示もあまりアテになりませんし、自分のATが高ければそんなに気にすることもないでしょう。
このゲームではクリアするごとに新しいシナリオが出現し、いろいろなキャラクターを演ずることが可能となります。その中にミサトを演ずるシナリオもあり、パイロットにあれこれ指示を出す大変さを味わうことも出来ます。同じ戦闘シーンなのに違った楽しみ方が出来るのも、このゲームならではと言えるでしょう。
戦闘画面は主に上空から見たこの画面になります。アナログスティックを上手に使ってリアルタイムに移動、攻撃指示を出します。ほとんどのケースにおいて単体の使徒との戦闘になりますので、そう難しいものではありません。
