81周の決勝レースは14時40分過ぎにスタート。1周目の1コーナーで＃62ヴィーマックが押されてコースアウト。さらにS字コーナーで＃7雨宮マツモトキヨシアスパラRX-7がクラッシュしてストップしたために早くもセーフティカー（SC）が導入された。このクラッシュに松田秀士/アダム・ウィルコックスの＃910 910ロデオドライブポルシェも巻き込まれ、あっけなくリタイアとなった。再スタート後、＃8NSXが独走状態に入るものの、クラッシュの破片を踏んだのか、タイヤのパンクでピットイン。これで＃36スープラがトップに立ち、これを＃64NSXがピタリと追う展開に。やがて予選7位からグイグイ追い上げてきた織戸学/ジェレミー・デュフォアの＃39デンソーサードスープラGTが、31周目の1コーナーで2番手に浮上した。
＃64NSXは36周目の馬の背からSPインにかかったところでスローダウン＆ストップ。これで2度目のSCとなり各車ピットインとなる。たまたまこの周にピット作業を予定していたチームや、先頭集団にやや遅れて最終コーナーより手前にいたチームは、タイミング良くピットに入れたために順位を上げる結果に。いっぽう次の周でピットインした車両は、ピットアウトしようとした際にピットロードが閉鎖されタイムロスを喫することにも。見事にピット出口の赤信号に行く手を阻まれたのが、V6エンジン搭載で4番手走行の＃22GT-R、クラストップの＃3シルビアなど。
レース再スタート後はGT500では＃36スープラ、GT300では小林且雄/谷川達也の＃77クスコスバルインプレッサがトップに立つが、50周目に3度目のSC導入。再開後は＃18NSXと＃25スープラの2番手争いが激しくなり、64周目の2コーナーでは2台が接触し、＃18NSXはピットヘ。さらにこの周、馬の背でクラッシュした車両があり4度目のSCに。
70周目に残り11周のレースがスタート。トップの＃36スープラが逃げ、＃6スープラ、＃25スープラのままで終了するかと思われた終盤、＃36スープラにペナルティが掲示！ これはピットロードの赤信号無視のためで、＃36スープラは脱落。代わって＃6スープラが難なくトップに立ち、＃25スープラ、加藤寛規／光貞秀俊の＃100RAYBRIG NSXが続いてチェッカーを受けた。ところが＃25スープラは黄旗区間中での追い越しのためにペナルティが加算され後退。伊藤大輔/ドミニク・シュワガーの＃16無限NSXが3位に繰り上がった。GT300では＃77インプレッサ、＃62ヴィーマック、＃3シルビアがテールtoノーズ、サイドbyサイドの激しいバトルを繰り広げるが、終盤にトップを奪った＃3シルビアが独走で初優勝。＃62ヴィーマックはクラッチトラブルもありスピンを喫し遅れた。
レース後、ペナルティを不服とした＃36スープラから抗議が出され、後日審議を行った後に正式結果が出されることとなった。したがってこの結果が出るまでは暫定結果のままとなる。
