「Fix it」等の診断ツールやフリーソフトを使って削除
「Windowsを再起動しても削除できないファイルを削除する」というお題から真っ先に思い浮かぶ2つのこととは、「ユーザー権限を確認後、次回起動の際に強制停止させる」というものです。ただ、これらとは別にファイル名が不正なので削除できない、というWindows（OS)側都合の現象もあります。
その場合は、「Fix it」等の診断ツールやフリーソフトを使って削除します。
マイクロソフト社もこの点を是正するためのツールを提供しています。
http://support.microsoft.com/mats/windows_file_and_folder_diag/ja
フリーソフトもいくつかあり、例えばこちらなどです。
http://nagabuchi.jugem.jp/?eid=400
Windows Vista（7および8にも導入されているUAC)にかかわる管理者権限に関する論考は、こちらが分かりやすいかもしれません。
http://www.atmarkit.co.jp/fwin2k/vista_feature/07uac01/07uac01_01.html
写真はイメージです
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最後に余談ですが、先の「ユーザー権限を確認後、次回起動の際に強制停止させる」というトピックで紹介したHiJackThisのような外部ツールですべての起動プロセスを都度（つまり何度か）確認することにより、（おそらく一つだけではなく）複数の悪意あるプロセスを見分けられます。
例えば、1つの実行ファイル（EXEファイル）を消すと、別の実行ファイルが立ち上がり、その実行ファイルが消したはずの実行ファイルを再作成し起動させたり、実行ファイルを何度消しても起動中のDLLファイルがEXEファイルを再作成し起動させたりといったぐあいです。
別ユーザーを作成してログインし、同様の起動プロセスが生じていないなら、ユーザーを乗り換えて該当ユーザーを悪意あるファイルや起動プロセスごと削除することも検討できます。
