登録免許税の計算
登録免許税額は、原則として次のように計算します。適用税率が土地・建物ともに同じ場合の保存登記・移転登記
（住宅用家屋の軽減税率適用なし）
課税標準額＝固定資産課税台帳登録価格（土地）＋（建物）
| ※ 1,000円未満の端数を切り捨てます。 | |
| ※ 価格が1,000円未満の場合には1,000円とします。 | |
| ※ マンションなど共有にかかる敷地の場合には、「土地の固定資産課税台帳登録価格 × 共有持分」によって価格を求めます。 | |
| ※ 新築建物などでは「新築建物課税標準価格認定基準表」の単価に建物面積を掛けて価格を求めます。 |
登録免許税額＝課税標準額×適用税率
| ※ 100円未満の端数は切り捨てます。 | |
| ※ 計算した税額が1,000円未満の場合には1,000円とします。 |
適用税率が土地と建物で異なる場合の保存登記・移転登記
（住宅用家屋の軽減税率適用あり）
土地の課税標準額＝固定資産課税台帳登録価格（土地）
| ※ 1,000円未満の端数を切り捨てます。 | |
| ※ 価格が1,000円未満の場合には1,000円とします。 | |
| ※ マンションなど共有にかかる敷地の場合には、「土地の固定資産課税台帳登録価格×共有持分」によって価格を求めます。 |
建物の課税標準額＝固定資産課税台帳登録価格（建物）
| ※ 1,000円未満の端数を切り捨てます。 | |
| ※ 価格が1,000円未満の場合には1,000円とします。 | |
| ※ 新築建物などでは「新築建物課税標準価格認定基準表」の単価に建物面積を掛けて価格を求めます。 | |
| ※ その建物には居住しない共有者などがいる場合には、持分で按分して別途計算します。 |
土地の登録免許税額＝土地の課税標準額×土地の適用税率
| ※ 100円未満の端数は切り捨てます。 |
建物の登録免許税額＝建物の課税標準額×建物の適用税率
| ※ 100円未満の端数は切り捨てます。 |
登録免許税額＝土地の登録免許税額＋建物の登録免許税額
| ※ 計算した税額が1,000円未満の場合には1,000円とします。 |
抵当権の設定登記
課税標準額＝債権金額
| ※ 1,000円未満の端数を切り捨てます。 |
登録免許税額＝課税標準額×適用税率
| ※ 100円未満の端数は切り捨てます。 | |
| ※ 計算した税額が1,000円未満の場合には1,000円とします。 |
抵当権の抹消登記、住所や氏名などの変更登記
登録免許税額＝1,000円×不動産の個数
| ※ 同一申請書による抹消では20,000円が上限になります。 | |
| ※ たとえば、1筆の土地および1個の建物（一般的な住宅）について抹消、変更などを行なう場合には2,000円となります。 | |
| ※ 住居表示の実施や行政区画・町名の変更などによる住所変更の場合には非課税です。 |
登録免許税の納付
登録免許税を納付するには、原則として銀行または郵便局で納付手続きを行ない、その領収書を登記申請書に添付しますが、税額が3万円以下の場合や特別な場合には税額分の収入印紙を登記申請書（申請書の本書とは別の白紙：収入印紙貼付台紙）に貼り付けて提出できることになっています。ただし、実際にはほとんどの場合、登記申請を依頼する司法書士に登記費用の全額を支払い、後の手続き（登録免許税の納付、登記申請書の提出その他）はすべて司法書士が行ないますので、一個人が登録免許税の納付方法を意識する必要はありません。
なお、国有地（相続で物納された宅地など）の払い下げを受けるケースなどでは、事前に登録免許税（所有権移転登記分）の納付用紙を渡されますので、それを用いて本人が銀行などの窓口で振り込むことになります。
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